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La jugabilidad de Momodora II es muy similar a la del juego original. Eres Momo, una sacerdotisa en una misión para desterrar el mal cerca de tu pueblo natal. La jugabilidad tiene lugar en un mundo en 2D, en el que puedes explorar e interactuar con diferentes objetos.
La jugabilidad se centra en la exploración y la creación de un mundo jugable, en lugar de la lucha y el disparo de enemigos. Este estilo de juego permite al jugador tener una experiencia más inmersiva.
Los gráficos y el estilo visual del juego han sido mejorados en comparación con el juego original. El juego ahora utiliza un estilo gráfico más realista y pulido.